Yuka, Rinko, Saki, dan Natsumi adalah teman masa kecil dan teman sekelas yang mendekati akhir tahun kedua sekolah menengah mereka dan dengan penuh semangat menunggu liburan musim panas mereka. Sayangnya, ini adalah waktu yang pahit bagi kelompok yang akrab ini, karena Saki pindah ke sekolah lain.

Para gadis bertekad untuk menjaga semangat persahabatan mereka tetap hidup, meskipun hanya untuk musim panas ini. Mereka mengenang tentang sebuah batu besar yang empat dari mereka gunakan untuk mengunjungi, tersimpan di kuil Shinto tua, dan keyakinan bahwa jika empat teman berkumpul di sekitarnya dan membuat satu permintaan, itu akan menjadi kenyataan. Sekarang, sangat mengejutkan mereka, mereka menemukan bahwa cerita lama itu benar.

Natsu-iro Kiseki mengikuti peristiwa ajaib yang dialami para gadis selama musim panas lalu yang akan mereka habiskan bersama. Saat pertemanan diuji, dan fantasi terpenuhi, keempat teman sekelas akhirnya akan belajar banyak tentang diri mereka sendiri dan satu sama lain di jalan untuk menempa musim panas yang tidak akan pernah mereka lupakan.