Bertahun-tahun yang lalu, setelah berakhirnya perang dunia berdarah, umat manusia berlindung di enam negara kota yang damai dan sempurna … setidaknya di permukaan. Namun, Shion — penduduk elit negara-kota No. 6 — mendapatkan perspektif baru tentang dunia tempat dia tinggal, berkat kesempatan bertemu dengan seorang bocah misterius, Nezumi. Nezumi ternyata hanya salah satu dari banyak orang yang tinggal di gurun terpencil di luar tembok-tembok yang seharusnya utopia. Tetapi meskipun mengetahui bahwa anak lelaki yang lain adalah buronan, Shion memutuskan untuk membawanya ke sana untuk malam itu dan melindunginya, yang mengakibatkan konsekuensi drastis: karena tindakannya, Shion dan ibunya kehilangan status sebagai elit dan dipindahkan ke tempat lain, dan sisi gelap kota mulai membuat dirinya dikenal.

Sekarang, lama setelah pertemuan pertama yang mengubah hidup mereka, Shion dan Nezumi akhirnya dipertemukan sekali lagi — mantan elit dan bocah laki-laki dalam pelarian akan memulai petualangan yang, pada saatnya nanti, akan mengungkapkan rahasia yang menghancurkan dari 6.