Cinta ada di udara ketika kisah Sakura Trick dimulai. Haruka Takayama dan Yuu Sonoda adalah teman baik di sekolah menengah, dan sekarang menghadiri SMA Misato Barat bersama. Mereka ditugaskan ke kelas yang sama di tahun pertama mereka, tetapi diberikan kursi di sisi berlawanan ruangan! Jika itu tidak cukup, diumumkan di upacara penerimaan sekolah bahwa sekolah akan ditutup dalam tiga tahun. Ini tidak mengganggu mereka, karena mereka masih berencana bersenang-senang bersama selama tahun-tahun sekolah menengah mereka.

Haruka cemburu Yuu membuat teman baru, jadi keduanya memutuskan untuk memperdalam ikatan mereka. “Ayo kita lakukan sesuatu yang tidak pernah kita lakukan dengan gadis-gadis lain,” kata Yuu, dan mereka berbagi ciuman di ruang kelas yang kosong sepulang sekolah suatu hari. Setelah itu satu ciuman mengarah ke banyak ciuman, keduanya mulai menyadari bahwa hubungan yang mereka bagikan telah berubah sepenuhnya. Tetapi apa yang akan terjadi pada hubungan mereka begitu kakak perempuan yang tidak setuju mulai mencurigai bahwa ada sesuatu yang terjadi di antara keduanya?